Sebelum tahun 1982 terdapat kegiatan dalam pelaksanaan tindak karantina hewan terhadap komoditi hewan antar pulau dari Flores ke Surabaya dll. , yang dilaksanakan pada pelabuhan Reo, Maumbawa, Aimere dan Ende. Tahun 1982 dan seterusnya kawasan Flores dibawah naungan Balai Karantina Kehewanan Wilayah IV Denpasar yang mencakup Bali, NTB dan NTT. Unit Pelaksana yang terbentuk di Flores pada saat itu antara lain; Stasiun Karantina Hewan Reo, Stasiun Karantina Hewan Maumbawa dan Stasiun Karantina Hewan Ende.
 
          Tahun 1995 status dari Stasiun Karantina Hewan dialihkan ke Wilayah Kerja Karantina Hewan Reo, Maumbawa, Ende dalam naungan SKH Kelas I Tenau, dengan pusat kantor di Kupang – NTT.
Tahun 2003 kembali dirubah status dari Wilayah Kerja Karantina Hewan menjadi Stasiun Karantina Hewan Kelas II Ende yang membawahi wilayah kerja Pulau Flores dan Lembata serta terpisah dari SKH Kelas I Tenau (saat ini Balai Karantina Pertanian Kelas I Kupang) yang mempunyai wewenang mengelola DIPA sendiri.
 
          Tahun 2008 terjadi Integrasi UPT antara Stasiun Karantina Hewan Kelas II Ende dan Wilayah Kerja Karantina Tumbuhan Labuan Bajo, Ende, dan Maumere yang merupakan bagian dari Stasiun Karantina Tumbuhan Kelas II Tenau menjadi Stasiun Karantina Pertanian Kelas II Ende. Hingga saat ini Stasiun Karantina Pertanian Kelas II Ende yang menaungi Pulau Flores dan Lembata memiliki 9 (sembilan) Wilayah Kerja Karantina Pertanian antara lain :
1.           Wilayah Kerja Labuan Bajo
2.           Wilayah Kerja Reo
3.           Wilayah Kerja Aimere
4.           Wilayah Kerja Maumbawa
5.           Wilayah Kerja Maropokot
6.           Wilayah Kerja Ende
7.           Wilayah Kerja Maumere
8.           Wilayah Kerja Larantuka
9.           Wilayah Kerja Lembata
 
Sejarah tidak terlepas dari SDM yang pernah mengelola dan melaksanakan kegiatan perkarantinaan di wilayah Flores, dengan ini dipaparkan beberapa Petugas/Pimpinan yang menjalankan tugas pada masanya, antara lain :
Pada Tahun 1982 – 1990
·      SKH Reo                                        : Drh. Edi Jaya 
·      SKH Ende, Maumbawa                   : Drh. Rafael Ben
Tahun 1990 – 1992
            ·      SKH Reo, Ende, Maumbawa           : Drh. Eka Ludra Manuaba
Tahun 1992 – 2002
·      WKH Reo                                       : Drh. Muh. Jumad
·      WKH Ende / Maumbawa                : Drh. Yulianto Setiawan
Tahun 2000 – 2002
·      WKH Larantuka                             : Drh. Rendra Gustiar
·      WKH Maumere                              : Drh. I Made Nurata
·      WKH Ende / Maumbawa                : Drh. Yulianto Setiawan
·      WKH Reo / Labuan Bajo                : Drh. Muh Jumad
Tahun 2000 – 2008
·      Wilayah Kerja Karantina Tumbuhan Ende, Maumere : Dominikus Polce
Tahun 2003 – 2004
·      SKH Kelas II Ende                         : Drh. Muh. Jumad
Tahun 2004 – 2008
·      SKH Kelas II Ende                         : Drh. I Made Nurata
Tahun 2006 – 2008
·      Wilayah Kerja Karantina Tumbuhan Labuan Bajo       : Purwadi
Tahun 2008 – Saat ini
·      Stasiun Karantina Pertanian Kelas II Ende : Drh I Putu Gede Suwarjaya

Translate
English English Bahasa Indonesia Bahasa Indonesia